國學學科推動者從中西之別入手，將國學學科的合法性置于中國與西方的差異之中。無論20世紀早期的國學研究抑或是今日之國學，學者們都試圖在中與西之間尋求出路。有所不同的是，在20世紀早年“整理國故”過程中，西方學科的分類體系及其治學方式是改良傳統學術的途徑，由此傳統之學進入科學的范疇并轉型為文史哲等學科;今日國學的學科推動者則強調西方學科的知識分類與傳統之學的隔閡之處，試圖在西方學科分設的格局下，為傳統學問尋求一條作為整體之學的學科之路。

　　湖南大學岳麓書院院長朱漢民指出：“中國的傳統學術是一個整體，可以說是和中國文化息息相關的整體性的東西。……你把它拉出來用各個學科去把握它的時候，就有可能失真。……國學提供中國人面對社會、面對學問的一種態度，是從整體性上掌握的一門學問。”這一觀點在國學學科派中頗為普遍。在他們的對比之中，中國文化重視整體，在知識上體現為經史子集各家之學的互通，此種互通性和整體性與西方學術形成了強烈反差。西方強調知識的綿密分殊，其典型體現為學科劃分，代表著西方注重專門化和特殊化的思維方式。在他們看來，由于中西方學術的差異，傳自西方的學科制度給自成系統的中國文明帶來了自我貶斥與削足適履的苦痛，經史子集的傳統知識分類被置換為文史哲學科分類的一個后果便是“經學走向衰落，經學傳統中斷，被肢解到了不同的學科，經學的價值和意義也被否定了”。對癥藥方是國學成為獨立的一級學科，并專辟經學為一個二級學科。

　　眾所周知，經學地位的式微是整個知識形態與社會轉型的結果。西學的傳入固然參與到經學的沉落之中，然而還有其他更為重要的因素。在西方船堅炮利和科技昌盛的沖擊下，經學面對世事變遷束手無策，科舉制度的廢除更使經學失去了社會基礎，從根源上切斷了經學與政治的制度關聯。尤其五四運動之后政治動蕩，經學被認為是民族貧弱的原罪，其境遇可想而知。經學的衰落在國學學科推動者的敘事中簡化為“西方分科之弊”的后果，恐難被學界所接受。再者，經由“整理國故”運動，文學、史學、語言學、哲學、考古學等學科確立，盡管傳統之學的形態由此發生了重大轉變，但也在當相當大程度上留存于哲學、文獻學、先秦史、音韻訓詁等學科之內。

　　需要進一步思考的是，中西之異更多指向的是二者在知識內容(包括其所蘊含的思維方式和問題意識)上的差異還是知識分類框架間的沖突。畢竟，作為知識分類框架的學科與學科范疇內的知識(如概念、方法、理論及其所形成的知識體系)是兩個雖有關聯但卻不同的問題。在知識分類的意義上，學科猶如器皿，其中的具體內容可有不同。學科框架有相當的彈性，可以容納概念、理論以及方法的更替，而知識內容的變更并不必然意味著學科的消解或危機。

　　中西學之別很大程度上是在知識體系上而言的，西學與中學的疏隔之處早已為近現代轉型時期的學人所感知。胡適從早年的《中國哲學史大綱》到后來“中國思想史”的轉變，正是因為發覺西方哲學概念用于中國本土思想的局限性。今日學人也依然感知著此間隔閡，余英時指出中國傳統有其獨特的問題意識和解決路徑，難以輕易被西方吸收。但是，胡適“中國思想史”的提法，并不構成對哲學學科成立與否的沖擊;余氏之意也更在日常微觀的學術研究過程中對西方知識體系中的概念、問題意識等抱有警惕和反思，并不必然主張因中西之別而創造出一個新的學科。在現代分科的體系下，曾涌現出錢穆、梁啟超、趙元任、傅斯年、陳寅恪、湯用彤等高水準學者，這說明中國傳統學術依然可能在源于西方的文史哲學科框架下得到吸收、繼承與彰顯，這可取徑于對治學材料與路徑的不斷反思，以促進學科知識的競爭與更替。21世紀以來經學研究在各相關學科內逐步復蘇，無論在哲學內以“儒藏工程”為代表的典籍整理，還是文獻學、中國史領域對經學逐漸增多的關注，都說明現代學科體系具有容納經學的彈性空間。說到底，知識的發展和處境總是受制于所處的外部環境及思想取向，當初經學的衰微與國運不濟有莫大關系，而當下的中國已成為具有世界影響力的大國，積極融入全球體系以及國家建設從傳統文化汲取思想資源，促成了經學為核心的傳統文化的復歸。

　　由上所述，國學學科支持者突出中西之別、強化二者之間的差異而由此確立“國學”一級學科設立的合法性，恐怕難以獲得廣泛共識。在許多贊成國學發展的學者看來，如何在西方知識的霸權之下達成對中國主體性的理解和彰顯，并不是簡單設立一個傳統之學的學科即可解決的問題。